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运行方式不同

保证合同以担保主债为目的，其内容体现的是依附被担保的主债，而不追求任何经济利益为目的。保证保险合同是一种财产保险合同，是当事人之间的一种商品交换关系，保险人通过开展保险业务化解和分散商业风险，换取商业利润。

“与本案无牵连”，即与犯罪嫌疑人、被告人所涉嫌的案件没有任何牵扯，即保证人不能是本案的同案犯，也不能是本案的证人，否则，因其本身也是**机关调查的对象，就难以保证其认真履行保证义务。

《高关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》：“主债务诉讼时效期间届满，保证人享有主债务人的诉讼时效抗辩权。”根据上述规定，主债权人想达到让保证人承担保证合同债务的目的，除了要在保证期间内行使外，还要在主债务诉讼时效期间内行使。如果主债务已过诉讼时效，既使还在保证期间内，保证人也可以因主债务诉讼时效已过而免除保证责任。
在日常生活中，保证期间由当事人在保证合同中约定，在没有约定(包括视为没有约定)和约定不明的情况下，法律规定了6个月和2年的保证期间，上述保证期间不**过主债务合同的诉讼时效期间，债权人只要在保证期间内行使法定，完全可以达到要求保证人承担保证合同债务的目的。

主体不同

保证保险合同的主体是债权人和保证人，其中对保证人的，除了法律禁止作保证人的情况以外，担保法未予以过多的限制，仅是一般性的规定了应具有代偿能力。保证保险合同的主体包括投保人、被保险人和保险人。其中，投保人和被保险人同时就是买卖合同(或者合同)的买方(或方)和卖方(或方)，保险一方必须是依据保险法取得经营保证保险业务的商业保险公司。
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