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适用的目的不尽相同

保证合同适用的惟一目的是担保债权的实现，除此无任何存在价值。而保证保险合同作为一种保险手段，则是以降低违约风险和分散风险为目的。

一般保证的主合同债务诉讼时效中止或中断，保证合同债务的诉讼时效也同时中止或中断。
对就连带责任保证而言，因为其要求主债务人与保证人对债权人连带承担责任，因此，只要债权人在约定或法定的保证期间内要求保证人(不是主债务人)承担保证责任的，保证人就得承担保证合同债务，并且从债权人要求保证人承担保证责任之日起，开始计算保证合同债务的诉讼时效。
需要注意的是，连带责任保证的主合同债务诉讼时效中止的，保证合同债务的诉讼时效也同时中止，但是，主合同债务诉讼时效中断，保证合同债务的诉讼时效并不中断。在连带责任保证中，债权人要在保证债务诉讼时效期间内及时向债务人主张保证合同债权，千万不要误认为主合同诉讼时效中断了，保证合同债务的诉讼时效也中断了，从而**主张保证合同债务的诉讼时效。

运行方式不同

保证合同以担保主债为目的，其内容体现的是依附被担保的主债，而不追求任何经济利益为目的。保证保险合同是一种财产保险合同，是当事人之间的一种商品交换关系，保险人通过开展保险业务化解和分散商业风险，换取商业利润。

主债务合同和保证合同债务的诉讼时效
对一般保证而言，债权人如果要追求让保证人承担保证责任的法律后果，即债权人要想让保证人承担保证合同债务，就必须在保证期间之内(届满之日前)对主债务人提起诉讼或仲裁，并且自诉讼文书或仲裁文书生效之日起，保证合同债务的诉讼时效(2年)开始起算。在保证合同债务的诉讼时效期间内，债权人可以要求保证人承担保证合同债务。在此需要注意的是，法律规定，一般保证的保证人在主合同未经仲裁或者审判，并就债务人的财产依法强制执行仍不能履行债务前，对债权人可以拒绝承担保证责任，但是有以下情形之下的，保证人不得形使前述规定的：其一，债务人住所变更，致使债权人要求其履行债务发生困难的，包括债务人移居、下落不明，且无财产何供执行;其二，受理债务人破产案件，中止执行程序的;其三，保证人以书面形式放弃前款规定的的。
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